Penyelenggaraan UNBK saat ini menggunakan sistem semi-online yaitu soal dikirim dari server pusat secara online melalui jaringan (sinkronisasi) ke server lokal ( sekolah).
Kemudian ujian siswa dilayani oleh server lokal (sekolah) secara offline. Selanjutnya hasil ujian dikirim kembali dari server lokal (sekolah) ke server pusat secara online (upload).
Tak semua sekolah di Indonesia memiliki sarana komputer yang memadai. Kemendikbud memperbolehkan sekolah dengan sarana komputer masih terbatas melaksanakan UNBK di sekolah lain yang memiliki sarana komputer memadai.
Anak yang terlambat datang hanya diperkenankan mengikuti ujian setelah mendapatkan izin Ketua Panitia UN Tingkat Sekolah/Madrasah, tanpa diberikan perpanjangan waktu.
Anak juga dilarang membawa dan/atau menggunakan perangkat komunikasi elektronik dan optik, kamera, kalkulator, dan sejenisnya ke dalam ruang ujian. Sebelum UNBK dimulai, anak-anak nantinya diminta mengumpulkan tas, buku, dan catatan dalam bentuk apapun di bagian depan di dalam ruang kelas.
Dalam sistem UNBK, anak-anak nantinya akan mengerjakan soal-soal Ujian Nasional di komputer. Dalam UNBK, ada beberapa sesi ujian yang masing-masing berdurasi dua jam.
Jika waktu sudah habis, sistem UNBK akan tertutup secara otomatis. Tak ada tambahan waktu untuk mengerjakan soal UNBK.
